自黑船事件十余年后，闭关锁国的德川幕府正迎来剧烈的变革时刻。倒幕志士群雄并起，幕府派则加大倾轧力度，一时间山河动荡。少年剑客绯村剑心（佐藤健 饰）为了开辟万民自由的新时代，投身至长州藩倒幕军团首领桂小五郎（高桥一生 饰）麾下，并逐渐成长为诛杀清除那些阻挠倒幕之人的急先锋。一时间刽子手拔刀斋的威名传遍京都，而他偶然杀掉的下级武士，却在他的脸颊上留下了第一道无法消退的伤疤。不久之后，剑心邂逅忧郁沉默的女孩雪代巴（有村架纯 饰）。巴留在倒幕志士聚集的场所帮佣，在这一过程中她似乎也让始终绷紧心弦的剑心放松下来。但是被命运和时代所拨弄的二人，等待他们的仿佛只有永生的悲剧……